Khoa CNTT được thành lập theo quyết định của Bộ trưởng Bộ giáo dục và đào tạo vào ngày 16/10/2003 và quyết định của Hiệu trưởng Đại học giao thông vận tải vào ngày 21/11/2003. Từ ngày đầu thành lập Khoa CNTT có 3 bộ môn: Khoa học máy tính, Công nghệ phần mềm và Mạng & các hệ thống thông tin.

Hiện nay Khoa gồm có: 31 giáo viên, trong đó có 1 phó giáo sư, 4 tiến sĩ, 13 thạc sĩ, 5 nghiên cứu sinh.

Khoa đảm nhận việc giảng dạy 31 môn học thuộc chuyên ngành công nghệ thông tin, đào tạo Kỹ sư Tin học thuộc 4 chuyên ngành: Công nghệ phần mềm, Hệ thống thông tin, Khoa học máy tính, Mạng và truyền thông. Ngoài ra Khoa CNTT cũng đào tạo hệ liên thông từ Cao đẳng lên Đại học ngành Công nghệ thông tin.